More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0088 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
239 aa  478  1e-134  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  63.64 
 
 
229 aa  284  1.0000000000000001e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  70.35 
 
 
230 aa  280  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  66.97 
 
 
233 aa  271  7e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  63.35 
 
 
235 aa  256  2e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  59.48 
 
 
237 aa  249  4e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  61.3 
 
 
232 aa  245  4.9999999999999997e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  52.86 
 
 
228 aa  236  3e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  53.91 
 
 
230 aa  229  4e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  52.09 
 
 
226 aa  216  2e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  51.74 
 
 
225 aa  208  5e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  42.51 
 
 
231 aa  178  4.999999999999999e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  43.63 
 
 
223 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  43.93 
 
 
231 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  40.31 
 
 
234 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
235 aa  152  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  41.04 
 
 
222 aa  149  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
235 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  40.95 
 
 
223 aa  149  5e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  39.72 
 
 
231 aa  145  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
232 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  38.69 
 
 
232 aa  142  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  40.53 
 
 
226 aa  142  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 
229 aa  139  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 
229 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 
229 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  40.87 
 
 
234 aa  135  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 
215 aa  132  6e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 
233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
240 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  35.55 
 
 
240 aa  121  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
241 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
211 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
238 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
238 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
234 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  36.55 
 
 
219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  35.78 
 
 
239 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
250 aa  119  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  38 
 
 
212 aa  118  7e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  38.83 
 
 
216 aa  118  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
224 aa  118  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  38.07 
 
 
215 aa  118  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
224 aa  118  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 
230 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
228 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 
232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  36.84 
 
 
217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  35.19 
 
 
227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 
223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  37.09 
 
 
250 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
228 aa  116  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 
219 aa  116  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
227 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  38.64 
 
 
233 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  35.98 
 
 
231 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
229 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 
232 aa  115  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 
238 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  36.1 
 
 
240 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 
240 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
250 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
212 aa  115  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
250 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
250 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  36.1 
 
 
240 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 
220 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 
227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  37.9 
 
 
250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
218 aa  113  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2481  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
219 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
254 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
233 aa  113  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 
250 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
290 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
230 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
249 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
223 aa  112  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
246 aa  111  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
266 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  36.74 
 
 
220 aa  111  9e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  37.5 
 
 
237 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 
211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3403  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
237 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
219 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
211 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 
239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>