More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1663 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  100 
 
 		 218 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  86.73 
 
 		 214 aa  382  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  81.57 
 
 		 220 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  81.65 
 
 		 222 aa  370  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  80.28 
 
 		 220 aa  371  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  80.37 
 
 		 222 aa  358  3e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  77.52 
 
 		 220 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  74.65 
 
 		 220 aa  338  2.9999999999999998e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  57.67 
 
 		 239 aa  258  7e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 232 aa  241  6e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  49.77 
 
 		 234 aa  210  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 240 aa  201  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  51 
 
 		 235 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  51.2 
 
 		 232 aa  197  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  54.46 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  46.23 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  51.21 
 
 		 239 aa  194  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  44.95 
 
 		 231 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  50.95 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 241 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  50.95 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 238 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 238 aa  191  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 234 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  50.24 
 
 		 240 aa  191  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 238 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  53.03 
 
 		 237 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 262 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 262 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 238 aa  185  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 253 aa  184  7e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 255 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 262 aa  184  9e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  45.93 
 
 		 258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  49.25 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 256 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 241 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 234 aa  147  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  40.38 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 250 aa  138  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 223 aa  106  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 235 aa  98.6  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 233 aa  96.7  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 229 aa  96.3  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 239 aa  95.1  7e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  33.87 
 
 		 227 aa  93.2  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 226 aa  92.8  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 230 aa  92.8  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 251 aa  92  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 232 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.55 
 
 		 231 aa  90.1  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  35.57 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  35.63 
 
 		 216 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  33.17 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 229 aa  90.1  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 234 aa  89.7  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 229 aa  89.4  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 222 aa  89  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 235 aa  88.6  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 216 aa  86.7  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  33.03 
 
 		 225 aa  86.7  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 212 aa  86.7  3e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 239 aa  86.3  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 219 aa  86.3  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 239 aa  85.9  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 238 aa  86.3  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 243 aa  85.5  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 239 aa  85.5  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  34.05 
 
 		 224 aa  85.1  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 217 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  30.81 
 
 		 237 aa  84.7  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  34.59 
 
 		 231 aa  84.7  9e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 226 aa  84.7  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 235 aa  84.7  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  30.61 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  29.7 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  32.65 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>