More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3020 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  478  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  78.48 
 
 		 255 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  57.27 
 
 		 240 aa  254  7e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  56.3 
 
 		 254 aa  252  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 247 aa  248  4e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  57.87 
 
 		 228 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 236 aa  244  6e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  54.91 
 
 		 228 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  53.67 
 
 		 266 aa  223  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  53.99 
 
 		 252 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  53.99 
 
 		 252 aa  218  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  53.6 
 
 		 262 aa  216  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  52.7 
 
 		 262 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  48.4 
 
 		 233 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  50.23 
 
 		 246 aa  205  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 312 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 260 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  39.81 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 232 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 239 aa  111  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1405  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 222 aa  108  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0359865 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  37 
 
 		 223 aa  101  9e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  35.85 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 223 aa  98.2  9e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  36.08 
 
 		 205 aa  97.1  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  35.15 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 255 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1235  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.724458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3952  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.942603  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 216 aa  92  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16960  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.916885 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 220 aa  90.1  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 227 aa  90.1  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 396 aa  89.4  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 231 aa  89  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 		 225 aa  88.2  9e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 221 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  30.04 
 
 		 229 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 229 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 229 aa  87.4  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 220 aa  86.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 214 aa  85.9  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  30.05 
 
 		 218 aa  85.5  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 		 233 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 262 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 233 aa  85.5  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 219 aa  85.1  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 227 aa  85.1  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 219 aa  85.1  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 267 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  25.56 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 		 216 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.24 
 
 		 215 aa  83.6  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  32.55 
 
 		 257 aa  82.8  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 265 aa  82.4  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0287  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 237 aa  81.6  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 219 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  28.38 
 
 		 238 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6785  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  29.68 
 
 		 241 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1443  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 234 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  32.26 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>