More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6449 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 236 aa  471  1e-132  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 254 aa  193  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  39.21 
 
 		 243 aa  135  4e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16960  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.916885 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  37.79 
 
 		 254 aa  108  9.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  35.68 
 
 		 228 aa  99  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 232 aa  98.2  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 255 aa  95.5  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 228 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  30.09 
 
 		 238 aa  93.6  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 240 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 223 aa  89.4  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 231 aa  89.4  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 236 aa  88.6  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 233 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 252 aa  85.9  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 252 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 221 aa  80.9  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 268 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  27.52 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5540  transcriptional regulator, GntR family  35.91 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  34 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  31.3 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  32.66 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1405  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0359865 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  31.12 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 249 aa  75.1  0.0000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 290 aa  75.1  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  25.6 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3471  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 259 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1044  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000547437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  25.12 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1281  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0450  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 222 aa  72  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 227 aa  72  0.000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3435  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 211 aa  72  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.478263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  33.7 
 
 		 262 aa  72  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  34.69 
 
 		 218 aa  72  0.000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  28.83 
 
 		 239 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 228 aa  72  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 211 aa  72  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 238 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 222 aa  72  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2793  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 230 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 222 aa  72  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 228 aa  72  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 241 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  30.09 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1099  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 231 aa  71.6  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  28.96 
 
 		 218 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1708  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.243048 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  30.73 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 228 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  26.64 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  33.83 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>