More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2162 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 262 aa  541  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  93.13 
 
 		 262 aa  505  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  74.89 
 
 		 233 aa  351  8.999999999999999e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  72.1 
 
 		 236 aa  339  2e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  66.09 
 
 		 240 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  57.27 
 
 		 255 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  57.21 
 
 		 254 aa  240  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 247 aa  234  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  53.25 
 
 		 246 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  53.3 
 
 		 312 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  52.53 
 
 		 228 aa  214  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 252 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  49.78 
 
 		 228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  51.6 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  50.22 
 
 		 266 aa  207  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 260 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 243 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  30.59 
 
 		 223 aa  99  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  35.35 
 
 		 243 aa  99  7e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 254 aa  96.3  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  33.96 
 
 		 223 aa  95.1  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 265 aa  94.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 219 aa  93.6  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 233 aa  92  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  27.4 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  27.52 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 232 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  27.52 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 226 aa  90.1  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 235 aa  89.7  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  30.53 
 
 		 237 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 244 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1443  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0530  GntR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 220 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.710712  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 230 aa  85.5  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 250 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 234 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1405  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 222 aa  85.1  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0359865 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 265 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 220 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 265 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16960  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.916885 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  27.85 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0287  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  30.24 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  27.57 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0589  GntR domain protein  35.5 
 
 		 216 aa  78.2  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  29.83 
 
 		 269 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  30.93 
 
 		 234 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3145  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 220 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0185  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.27943  normal  0.15963 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  31.34 
 
 		 250 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  28.22 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2825  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0997376 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4211  transcriptional regulator, GntR family  29.5 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.349011  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  27.8 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0205  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 268 aa  75.9  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.134484 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 396 aa  75.5  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 256 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 247 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 219 aa  75.1  0.0000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  24.32 
 
 		 231 aa  75.1  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>