More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6102 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 229 aa  471  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 257 aa  158  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 255 aa  155  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 228 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  42.13 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  39.61 
 
 		 265 aa  144  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 244 aa  142  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  41.87 
 
 		 239 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  36.82 
 
 		 230 aa  142  6e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 265 aa  142  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  33.83 
 
 		 234 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  37.04 
 
 		 228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  35.81 
 
 		 228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  35.38 
 
 		 231 aa  132  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  37.76 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.96 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  34.06 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  35.96 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  34.42 
 
 		 228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  35.47 
 
 		 228 aa  128  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 284 aa  125  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 228 aa  125  6e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  35.32 
 
 		 277 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 225 aa  122  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 234 aa  120  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  35.51 
 
 		 257 aa  121  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  35.16 
 
 		 228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  35.16 
 
 		 228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 238 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 226 aa  115  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 235 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 232 aa  112  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 234 aa  112  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 248 aa  112  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 		 237 aa  112  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 224 aa  112  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 233 aa  109  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 231 aa  109  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 233 aa  108  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 240 aa  108  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 241 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 223 aa  108  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 		 231 aa  107  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  30.94 
 
 		 239 aa  105  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 226 aa  105  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 229 aa  105  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 216 aa  105  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 216 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  27.14 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 225 aa  103  3e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 222 aa  101  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 235 aa  101  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 230 aa  101  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 245 aa  99.8  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 233 aa  99.4  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 227 aa  99  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 235 aa  98.2  8e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 231 aa  98.2  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 257 aa  97.8  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 241 aa  97.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 241 aa  97.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>