More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B1375 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 252 aa  520  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  94.05 
 
 		 252 aa  454  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  58.37 
 
 		 228 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  56.11 
 
 		 228 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 240 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 247 aa  229  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 239 aa  224  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  48.97 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 255 aa  223  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  52.94 
 
 		 262 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 236 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  53.24 
 
 		 262 aa  211  7e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  47.56 
 
 		 266 aa  206  4e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 312 aa  201  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  47.93 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  41.1 
 
 		 246 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 260 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  34.38 
 
 		 238 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  35.84 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16960  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 		 229 aa  109  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.916885 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  34.42 
 
 		 223 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 254 aa  93.6  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 232 aa  92.8  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 		 227 aa  89.4  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 234 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1235  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.724458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 236 aa  86.3  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 238 aa  86.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 238 aa  86.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 216 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  26.39 
 
 		 239 aa  85.5  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 227 aa  85.5  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 		 223 aa  85.1  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  27.45 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  29.68 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  28.21 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3952  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.942603  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4366  transcriptional regulator, GntR family  33.58 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  33.14 
 
 		 216 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 254 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0735  transcriptional regulator, GntR family  26.09 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000113476  decreased coverage  0.0012324 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  36.5 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5932  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733777  normal  0.0408892 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  27.84 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 233 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  27.78 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  31.52 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  25.84 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  33.76 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  29.23 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3794  transcriptional regulator, GntR family  30.62 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.436096  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  24.65 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  30.32 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  27.53 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  24.51 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  24.88 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  24.19 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3756  GntR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 243 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 214 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 224 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0611  GntR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176506  normal  0.0227892 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 258 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  24.54 
 
 		 239 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 226 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>