More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0625 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 223 aa  443  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  38.78 
 
 		 226 aa  142  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  37.25 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  37.25 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 226 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 226 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 226 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 216 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 231 aa  116  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 231 aa  114  8.999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 250 aa  111  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 225 aa  111  8.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 250 aa  105  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 260 aa  102  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 253 aa  101  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  29.8 
 
 		 224 aa  98.2  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 245 aa  95.9  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 229 aa  95.1  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 233 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  38.85 
 
 		 218 aa  93.6  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0882  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 235 aa  92  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20136  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 215 aa  90.9  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  26.73 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 216 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4266  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 239 aa  89  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 241 aa  89.4  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 216 aa  88.2  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  29.05 
 
 		 247 aa  88.2  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3029  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 233 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3756  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 231 aa  87  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5254  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.506774 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 223 aa  86.3  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 228 aa  85.9  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  27.05 
 
 		 234 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1364  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 244 aa  86.3  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0686539 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 237 aa  86.3  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 230 aa  85.9  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 225 aa  85.1  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 244 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 231 aa  85.1  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 243 aa  84.7  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  31.01 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 216 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  26.92 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  26.5 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.63 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  25.87 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 		 223 aa  81.6  0.000000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  30.6 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  28.64 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0530  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 220 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.710712  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.71 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  25.71 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  29.91 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  25.12 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  25.71 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  25.71 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  29.91 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  30.63 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>