More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5325 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 263 aa  529  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 250 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  31.62 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 		 224 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1334  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 227 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.164472 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 225 aa  99.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 204 aa  99.4  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1712  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 204 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  36.04 
 
 		 218 aa  96.3  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 245 aa  94.7  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 216 aa  92  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 253 aa  92  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5216  transcriptional regulator, GntR family  28.11 
 
 		 234 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293373  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 233 aa  88.6  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 227 aa  87  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  30.63 
 
 		 223 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3277  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  29.49 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 221 aa  72.4  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3461  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 249 aa  67.4  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5699  transcriptional regulator, GntR family  26.48 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.417067  normal  0.240474 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  23.83 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  27.91 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  27.71 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0496  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.118787  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  24.39 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  26.18 
 
 		 219 aa  62  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 226 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  26.88 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4266  transcriptional regulator, GntR family  27.01 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  26.21 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2477  transcriptional regulator, GntR family  44 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.161543  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 254 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  26.27 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 221 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 230 aa  57  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3621  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 232 aa  55.5  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2253  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 222 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218359  normal  0.132912 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 239 aa  55.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7641  transcriptional regulator, GntR family  29.09 
 
 		 230 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.587839 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 218 aa  55.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 284 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 264 aa  55.5  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3485  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 222 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122835  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2120  GntR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 240 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 222 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 222 aa  54.3  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 218 aa  54.3  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 234 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 242 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  35.63 
 
 		 216 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2210  GntR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 236 aa  54.3  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3595  GntR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 222 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 212 aa  54.3  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 230 aa  53.5  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>