More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4032 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  477  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  48.67 
 
 		 231 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  53.18 
 
 		 234 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  49.35 
 
 		 234 aa  210  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  51.82 
 
 		 234 aa  209  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 265 aa  209  4e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  46.85 
 
 		 230 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 238 aa  191  6e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 237 aa  182  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  36.32 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  32.6 
 
 		 242 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 227 aa  116  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 230 aa  115  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  35.38 
 
 		 231 aa  115  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  35.09 
 
 		 240 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 257 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  33.91 
 
 		 234 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  37.26 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  32.19 
 
 		 277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 237 aa  105  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 257 aa  104  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 284 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4702  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 231 aa  100  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 225 aa  99.4  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 239 aa  99  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 241 aa  98.6  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  28.3 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 264 aa  96.7  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 240 aa  96.7  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  26.13 
 
 		 235 aa  95.5  6e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 225 aa  95.1  7e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 265 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  30.23 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  30.23 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 234 aa  90.1  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  28.76 
 
 		 228 aa  89.4  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 236 aa  87  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  26.09 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 227 aa  87  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 255 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0582  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 241 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.414159  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 241 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 241 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 241 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 241 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  30.22 
 
 		 228 aa  85.9  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 255 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 228 aa  85.9  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 245 aa  85.9  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 243 aa  85.9  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 228 aa  85.1  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.7 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  26.7 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  26.24 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  26.94 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  28.84 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 260 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>