More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7238 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 224 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  51.63 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  45.23 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 214 aa  136  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 233 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 231 aa  118  6e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 222 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 222 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  31.75 
 
 		 226 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 226 aa  108  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 223 aa  108  5e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  36.27 
 
 		 231 aa  108  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 232 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 229 aa  106  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 219 aa  106  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 225 aa  105  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 225 aa  104  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 206 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 231 aa  102  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 217 aa  102  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 238 aa  102  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 230 aa  102  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 228 aa  101  8e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 260 aa  101  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  34.2 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 231 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 267 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 240 aa  99.4  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 		 233 aa  99.4  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 247 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 229 aa  98.2  8e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  32.84 
 
 		 229 aa  98.2  8e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  36.11 
 
 		 219 aa  98.2  9e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 221 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  29.7 
 
 		 221 aa  97.4  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 257 aa  96.7  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 222 aa  96.7  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  32.54 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 216 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 226 aa  96.7  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  24.75 
 
 		 215 aa  96.3  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  32.83 
 
 		 232 aa  96.3  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 226 aa  96.7  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 237 aa  96.3  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 235 aa  96.3  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 235 aa  95.9  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 215 aa  95.5  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 234 aa  95.5  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 215 aa  95.5  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 215 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 226 aa  95.5  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 222 aa  95.1  7e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 230 aa  95.1  7e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 232 aa  94.4  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  32.8 
 
 		 222 aa  94.7  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 213 aa  94.4  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 229 aa  94  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 218 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 217 aa  94  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 221 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 238 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 224 aa  92.8  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 221 aa  92.8  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 241 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 230 aa  92.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 221 aa  92.4  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 251 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 227 aa  92.4  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 230 aa  92.4  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 234 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  29.81 
 
 		 229 aa  92.4  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 232 aa  92  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  35.74 
 
 		 219 aa  92  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 213 aa  91.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 237 aa  91.7  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 229 aa  91.7  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 262 aa  91.7  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 238 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 246 aa  90.9  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>