More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3277 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3277  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 259 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1334  GntR family transcriptional regulator  89.73 
 
 		 227 aa  386  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.164472 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  42.79 
 
 		 250 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 250 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5216  transcriptional regulator, GntR family  40.54 
 
 		 234 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293373  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  37.68 
 
 		 247 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 215 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  40.29 
 
 		 218 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 225 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 233 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 231 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 217 aa  102  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 216 aa  94  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 230 aa  94.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 204 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1712  transcriptional regulator, GntR family  31.96 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 226 aa  72  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011886  Achl_3461  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14130  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 229 aa  68.6  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.377103  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 225 aa  68.2  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 229 aa  68.2  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  35.79 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  35.58 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.22 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 		 223 aa  67  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 222 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 223 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  28.65 
 
 		 232 aa  65.9  0.0000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 226 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 226 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  28.16 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  30.63 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  30.63 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  25.42 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 233 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  30.04 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 233 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  35.58 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 233 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 		 244 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  32.03 
 
 		 219 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 231 aa  61.6  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 236 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  32.29 
 
 		 227 aa  61.6  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 216 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4266  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  27.75 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  28.23 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  31.18 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 254 aa  58.9  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12050  transcriptional regulator, GntR family  43.02 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.549361  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 233 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1526  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 218 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.625253  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  26.29 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 250 aa  58.2  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>