More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1839 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  72.15 
 
 		 226 aa  318  3e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  66.82 
 
 		 240 aa  285  4e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  63.81 
 
 		 239 aa  254  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  60 
 
 		 221 aa  247  8e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  60 
 
 		 221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  58.94 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  57.77 
 
 		 216 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 251 aa  227  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  56.8 
 
 		 216 aa  226  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  55.83 
 
 		 216 aa  225  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 223 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  52.13 
 
 		 223 aa  201  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  52.13 
 
 		 223 aa  201  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  54.98 
 
 		 218 aa  193  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  52.13 
 
 		 223 aa  192  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 217 aa  188  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  47.85 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  46.73 
 
 		 218 aa  179  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  46.67 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  46.67 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  46.67 
 
 		 231 aa  174  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 222 aa  174  8e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  44.93 
 
 		 222 aa  169  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  42.58 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  50.25 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  47.45 
 
 		 230 aa  158  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  43.81 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 244 aa  154  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  42.27 
 
 		 248 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 227 aa  151  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 243 aa  150  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  37.2 
 
 		 214 aa  145  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 238 aa  144  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  41.71 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 221 aa  138  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 231 aa  138  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  38.95 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  44.44 
 
 		 216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 234 aa  122  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  43.27 
 
 		 224 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 223 aa  118  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  37.37 
 
 		 241 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 248 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  38.27 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 212 aa  116  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  36.92 
 
 		 230 aa  115  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 241 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 224 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 		 212 aa  114  7.999999999999999e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 225 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  36.08 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 222 aa  109  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 240 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  37.99 
 
 		 263 aa  106  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 226 aa  106  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 244 aa  105  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  37.43 
 
 		 274 aa  105  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  36.87 
 
 		 263 aa  105  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 238 aa  105  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 229 aa  105  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 211 aa  105  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 235 aa  104  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 267 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  36.84 
 
 		 256 aa  103  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 254 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 229 aa  102  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 235 aa  102  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 222 aa  101  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 255 aa  101  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 222 aa  101  9e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 222 aa  101  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  35.5 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 251 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>