More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1652 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 248 aa  503  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  86.32 
 
 		 244 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  83.02 
 
 		 237 aa  357  8e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  74.6 
 
 		 243 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  63.03 
 
 		 238 aa  248  7e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  52.53 
 
 		 227 aa  195  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  50.24 
 
 		 216 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  47.42 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  47.42 
 
 		 230 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  46.39 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  47.42 
 
 		 231 aa  172  5e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 222 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 226 aa  165  5e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  47.55 
 
 		 221 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 222 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  48.8 
 
 		 224 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  44.33 
 
 		 222 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  43.63 
 
 		 223 aa  158  8e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  43.63 
 
 		 223 aa  158  8e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  45.23 
 
 		 240 aa  158  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  158  9e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  46.39 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  42.05 
 
 		 219 aa  149  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  41.45 
 
 		 216 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  41.45 
 
 		 216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 218 aa  146  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  43.63 
 
 		 223 aa  144  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 220 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  38.46 
 
 		 230 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  39.79 
 
 		 216 aa  138  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  43.13 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 217 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 231 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 218 aa  126  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 218 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 216 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  35.8 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  35.83 
 
 		 216 aa  108  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 222 aa  106  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 216 aa  106  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 233 aa  105  9e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 234 aa  105  9e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  34.39 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 222 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  35.1 
 
 		 223 aa  101  9e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 212 aa  101  9e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 219 aa  101  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 229 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 212 aa  99.8  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.6 
 
 		 229 aa  99  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 211 aa  99  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 222 aa  99  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 223 aa  98.2  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 241 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 		 227 aa  98.2  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 222 aa  97.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 262 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 228 aa  96.3  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 231 aa  96.3  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 244 aa  95.9  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 231 aa  95.9  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 		 225 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 241 aa  95.5  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 233 aa  95.5  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 255 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 241 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 295 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 231 aa  93.6  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  34.66 
 
 		 215 aa  93.2  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>