More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3401 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 256 aa  512  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  68.64 
 
 		 275 aa  317  1e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  76.33 
 
 		 263 aa  316  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  73.95 
 
 		 274 aa  315  5e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  73.71 
 
 		 263 aa  310  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  65.04 
 
 		 251 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 222 aa  209  4e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 229 aa  185  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  46 
 
 		 214 aa  185  7e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 228 aa  179  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  45.67 
 
 		 226 aa  178  7e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 241 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  45.89 
 
 		 241 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 234 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 218 aa  175  8e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 241 aa  174  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 241 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  45.02 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  44.55 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 223 aa  168  7e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  43.6 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  42.11 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  44.81 
 
 		 227 aa  165  8e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  47.34 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  44.55 
 
 		 223 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 227 aa  159  6e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  38.94 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 284 aa  139  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  42.57 
 
 		 240 aa  138  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  43.07 
 
 		 255 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 295 aa  135  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  42.79 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 232 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  39.62 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 223 aa  120  3e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.28 
 
 		 223 aa  111  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 228 aa  105  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 235 aa  105  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 222 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 220 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2445  transcriptional regulator  39.72 
 
 		 237 aa  103  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.247601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 219 aa  102  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.18 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3363  transcriptional regulator, GntR family  37.7 
 
 		 218 aa  102  6e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  36.76 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 211 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 233 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  38.29 
 
 		 230 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 222 aa  100  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 211 aa  100  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 242 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 212 aa  99.4  6e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 211 aa  99  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 222 aa  98.6  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 248 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 221 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 231 aa  98.2  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 237 aa  97.8  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33.7 
 
 		 212 aa  97.8  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.26 
 
 		 229 aa  97.1  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 222 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  35.11 
 
 		 293 aa  96.3  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.26 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 222 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 245 aa  95.9  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 234 aa  95.5  7e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 256 aa  95.5  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  35.42 
 
 		 223 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  35.42 
 
 		 223 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 211 aa  94.7  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  41.67 
 
 		 225 aa  94.4  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.7 
 
 		 237 aa  94.4  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 222 aa  93.6  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 237 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>