More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5730 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  65.04 
 
 		 256 aa  296  3e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 275 aa  292  4e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  63.44 
 
 		 263 aa  286  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  63.93 
 
 		 274 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  68 
 
 		 263 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  50.25 
 
 		 222 aa  203  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  46.54 
 
 		 242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 229 aa  195  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 241 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  45.16 
 
 		 241 aa  192  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 234 aa  191  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 229 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 214 aa  189  5e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  42.72 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 241 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 228 aa  181  9.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  41.94 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  46.01 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  41.94 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  46.31 
 
 		 227 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 218 aa  172  5.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  41.43 
 
 		 225 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  42.79 
 
 		 226 aa  171  7.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 254 aa  171  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 223 aa  171  7.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 224 aa  169  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 226 aa  168  8e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 231 aa  168  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 239 aa  159  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  39.71 
 
 		 231 aa  156  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  45.5 
 
 		 225 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  42.93 
 
 		 240 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  40.47 
 
 		 255 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  37.45 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  40.4 
 
 		 221 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 239 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  35.94 
 
 		 223 aa  121  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 230 aa  115  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 228 aa  115  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  32.59 
 
 		 239 aa  115  8.999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  37.62 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.35 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 235 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 229 aa  109  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 221 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 211 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 234 aa  105  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 232 aa  105  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 229 aa  105  8e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 223 aa  105  9e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 240 aa  105  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  27.32 
 
 		 223 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  36.02 
 
 		 222 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 219 aa  102  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 223 aa  102  9e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 232 aa  101  9e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 233 aa  99.8  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 233 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 233 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 233 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 235 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 		 233 aa  99.4  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 222 aa  99.4  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 233 aa  99.4  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 211 aa  99.4  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 226 aa  99  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  26.29 
 
 		 223 aa  99  6e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 237 aa  99  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 228 aa  98.6  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 228 aa  98.2  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 248 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 237 aa  98.2  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 233 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>