More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4082 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
223 aa  443  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  64.95 
 
 
231 aa  246  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  50.95 
 
 
218 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  41.94 
 
 
251 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
239 aa  145  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
227 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
223 aa  139  3e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
226 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
222 aa  134  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  39.63 
 
 
254 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  41.97 
 
 
226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  38.46 
 
 
222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
243 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
221 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
244 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  40.95 
 
 
221 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  45.1 
 
 
218 aa  131  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
218 aa  131  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  40.89 
 
 
223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
248 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  40.89 
 
 
223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
240 aa  130  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 
248 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
222 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
217 aa  129  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 
224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  37.69 
 
 
219 aa  128  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  37.09 
 
 
237 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  37.02 
 
 
228 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  37.02 
 
 
230 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  40 
 
 
237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  37.95 
 
 
242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  37.98 
 
 
231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  34.34 
 
 
214 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
220 aa  126  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  36.11 
 
 
230 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  40.89 
 
 
223 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
216 aa  122  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  39.69 
 
 
227 aa  122  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  36.14 
 
 
216 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  38.5 
 
 
218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  36.14 
 
 
216 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 
221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  35.64 
 
 
216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
224 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1255  regulatory protein GntR, HTH  64.66 
 
 
122 aa  118  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
240 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  35.19 
 
 
230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  42.21 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
232 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
238 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
263 aa  104  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  36.11 
 
 
274 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
222 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  36.87 
 
 
216 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  35.26 
 
 
263 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
229 aa  101  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
239 aa  101  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 
231 aa  101  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 
231 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
256 aa  100  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  38.89 
 
 
224 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
219 aa  99  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 
223 aa  97.4  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
218 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  34.08 
 
 
231 aa  96.3  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 
237 aa  95.5  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1030  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
237 aa  95.5  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal  0.150605 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
225 aa  95.9  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 
227 aa  95.1  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
216 aa  95.1  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
228 aa  94.4  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
233 aa  93.2  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 
223 aa  92.8  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
223 aa  92.8  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
222 aa  92.4  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
233 aa  92  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
235 aa  92  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 
231 aa  92  6e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
233 aa  92  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
255 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
233 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 
223 aa  90.5  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
233 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
229 aa  90.1  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
212 aa  90.1  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 
238 aa  90.5  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  32.32 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
240 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
239 aa  89.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5951  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
233 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0388156 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
222 aa  89.7  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 
229 aa  89.4  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 
228 aa  89.4  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
224 aa  89  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
228 aa  89  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
234 aa  88.2  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 
216 aa  87.8  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
231 aa  87.8  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>