More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4283 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  442  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  75 
 
 		 228 aa  314  7e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  75 
 
 		 230 aa  314  8e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  74.06 
 
 		 222 aa  312  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  74.53 
 
 		 231 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  72.38 
 
 		 237 aa  310  2e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  74.64 
 
 		 222 aa  305  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  71.04 
 
 		 242 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  71.96 
 
 		 230 aa  295  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  45.54 
 
 		 223 aa  179  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  45.54 
 
 		 223 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 226 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 243 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 244 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  47.69 
 
 		 218 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 218 aa  165  5.9999999999999996e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  44.33 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  46.39 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 238 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  45.07 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 220 aa  160  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  43.98 
 
 		 216 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  44.9 
 
 		 221 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  42.27 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  45.3 
 
 		 227 aa  152  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  42.41 
 
 		 216 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 217 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 221 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 221 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  41.75 
 
 		 230 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 248 aa  142  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  45.35 
 
 		 216 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 218 aa  141  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  39.9 
 
 		 216 aa  139  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 224 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 225 aa  131  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  47.09 
 
 		 224 aa  131  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  36.55 
 
 		 214 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  38.66 
 
 		 218 aa  117  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 		 228 aa  113  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 223 aa  111  7.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.02 
 
 		 237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.71 
 
 		 223 aa  108  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 232 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 230 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 219 aa  106  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 241 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 241 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  34.95 
 
 		 227 aa  104  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 238 aa  102  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  101  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  30.48 
 
 		 224 aa  101  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 255 aa  101  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 255 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 255 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 255 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 258 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 234 aa  99.8  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 226 aa  99.8  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 233 aa  99.4  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 234 aa  99.4  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  28.7 
 
 		 241 aa  99.4  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  99  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 228 aa  99  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 222 aa  98.6  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 238 aa  98.6  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 241 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 251 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 231 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 216 aa  97.1  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 262 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 222 aa  97.4  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  32.99 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 231 aa  96.3  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 222 aa  96.3  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 226 aa  96.3  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>