More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1722 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  441  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  52.66 
 
 		 239 aa  209  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 251 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 226 aa  205  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 240 aa  204  9e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  53.05 
 
 		 223 aa  197  9e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  53.05 
 
 		 223 aa  197  9e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 224 aa  194  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  47.8 
 
 		 216 aa  193  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  53.59 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  47.32 
 
 		 216 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  51.44 
 
 		 221 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 223 aa  187  7e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  53.81 
 
 		 218 aa  184  8e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  50.96 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  54.11 
 
 		 217 aa  182  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  53.99 
 
 		 223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 220 aa  177  8e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  44.88 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  46.38 
 
 		 218 aa  175  6e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  45.08 
 
 		 237 aa  166  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 222 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  50.25 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 222 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  44.79 
 
 		 222 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 243 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 242 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  43.98 
 
 		 237 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  41.45 
 
 		 228 aa  148  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  41.45 
 
 		 230 aa  147  8e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  41.41 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  41.45 
 
 		 231 aa  142  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  43.01 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  40.41 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 218 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  36.84 
 
 		 223 aa  131  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 222 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  38.54 
 
 		 222 aa  129  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 221 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  41.28 
 
 		 216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 227 aa  125  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 231 aa  123  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 222 aa  122  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 233 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 224 aa  119  3.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 244 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 222 aa  119  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  28.97 
 
 		 215 aa  118  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  34.02 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  40.12 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 219 aa  112  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 235 aa  110  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  35.98 
 
 		 241 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 241 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 223 aa  109  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 229 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 234 aa  108  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 235 aa  106  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 245 aa  105  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 254 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 230 aa  105  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 229 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  38.3 
 
 		 237 aa  103  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 248 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  102  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 256 aa  102  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 235 aa  102  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  36.46 
 
 		 231 aa  100  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 268 aa  100  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 233 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.67 
 
 		 229 aa  99.4  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 225 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  36.07 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 229 aa  99  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 226 aa  99.4  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  34.97 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.11 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>