More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1484 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 219 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  91.74 
 
 		 248 aa  401  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  55.34 
 
 		 221 aa  227  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 244 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 222 aa  152  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  42.05 
 
 		 248 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 243 aa  149  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 234 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  41.33 
 
 		 237 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  42.19 
 
 		 227 aa  142  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  42.54 
 
 		 216 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  41.75 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  41.75 
 
 		 228 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  42.27 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  39.69 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  40.21 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  42.27 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  37.69 
 
 		 223 aa  128  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  40.51 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  43.09 
 
 		 224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 251 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 226 aa  122  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 240 aa  122  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 218 aa  121  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 226 aa  121  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 		 231 aa  121  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 254 aa  121  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 		 226 aa  119  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  40.86 
 
 		 223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  40.86 
 
 		 223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 227 aa  118  7.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 231 aa  118  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 228 aa  115  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 224 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 255 aa  114  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 225 aa  114  8.999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 220 aa  112  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.89 
 
 		 229 aa  112  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.38 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  34.87 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 216 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 227 aa  109  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 216 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  40.72 
 
 		 223 aa  108  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 218 aa  108  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 230 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  36.07 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  35.2 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  35.2 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  35.16 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  33.52 
 
 		 241 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 217 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  33.5 
 
 		 214 aa  106  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 233 aa  105  4e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  41.08 
 
 		 218 aa  105  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 246 aa  105  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 233 aa  105  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  35.16 
 
 		 223 aa  105  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 233 aa  105  8e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 240 aa  104  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 		 225 aa  104  9e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 224 aa  104  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 245 aa  104  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.57 
 
 		 237 aa  103  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 241 aa  102  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 212 aa  102  4e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 218 aa  102  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 241 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 222 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 233 aa  101  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 255 aa  101  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 295 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 216 aa  100  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 219 aa  100  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  34.78 
 
 		 263 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>