More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3053 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  456  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  76.79 
 
 		 231 aa  349  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  73.33 
 
 		 228 aa  338  5e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  67.41 
 
 		 231 aa  286  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  55.71 
 
 		 231 aa  254  5e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  58.6 
 
 		 229 aa  250  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 227 aa  248  5e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 234 aa  227  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 242 aa  224  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  50.72 
 
 		 241 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  49.76 
 
 		 241 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  49.76 
 
 		 241 aa  218  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 241 aa  215  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 251 aa  195  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  47.52 
 
 		 263 aa  193  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  47.52 
 
 		 274 aa  192  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  47.47 
 
 		 263 aa  190  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  48 
 
 		 254 aa  178  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 222 aa  174  9e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 224 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  41.26 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  41.51 
 
 		 225 aa  168  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  42.45 
 
 		 230 aa  168  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  42.36 
 
 		 256 aa  167  9e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 284 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  44.02 
 
 		 223 aa  166  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  41.98 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  42.36 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 218 aa  155  6e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  42.52 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 223 aa  146  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  41.23 
 
 		 255 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  41.23 
 
 		 295 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  37.98 
 
 		 240 aa  134  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  38.07 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  36.99 
 
 		 222 aa  121  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 230 aa  121  8e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.51 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  34.88 
 
 		 239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 222 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  36.27 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 218 aa  109  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 244 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 235 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 233 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  34.72 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 229 aa  105  8e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 221 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 229 aa  102  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  36.11 
 
 		 223 aa  101  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 223 aa  101  8e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 212 aa  101  9e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 242 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 		 212 aa  100  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 240 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 237 aa  100  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 237 aa  99.4  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 		 233 aa  99.4  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 239 aa  98.2  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 211 aa  97.8  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 219 aa  97.1  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 237 aa  96.7  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 234 aa  96.7  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 233 aa  96.3  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 222 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 219 aa  96.3  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 211 aa  96.7  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1568  transcriptional regulator, GntR family  36.87 
 
 		 219 aa  96.3  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 231 aa  95.5  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6620  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 		 207 aa  95.1  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0364591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 213 aa  95.1  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 252 aa  94.4  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>