More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5660 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 227 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  65.88 
 
 		 216 aa  284  7e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  66.21 
 
 		 224 aa  271  7e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  52.53 
 
 		 248 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 243 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  53.06 
 
 		 237 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 244 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 238 aa  166  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 251 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 223 aa  156  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  46.89 
 
 		 221 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 222 aa  152  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 239 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 226 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 226 aa  149  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  43.46 
 
 		 237 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  44.08 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  44.08 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 221 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  45.4 
 
 		 221 aa  142  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  42.19 
 
 		 219 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 222 aa  141  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  40.38 
 
 		 216 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  40.58 
 
 		 216 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  44.21 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 220 aa  135  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  44.21 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  46.12 
 
 		 218 aa  135  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 248 aa  135  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 240 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  43.87 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  39.22 
 
 		 216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  44.2 
 
 		 222 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 242 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  46.34 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  43.16 
 
 		 231 aa  129  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 218 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  39.69 
 
 		 223 aa  122  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  34.31 
 
 		 230 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  36.82 
 
 		 214 aa  118  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  38.51 
 
 		 218 aa  112  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 216 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 230 aa  106  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 224 aa  104  9e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 218 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 234 aa  102  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 235 aa  99.8  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 220 aa  99.8  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  36.46 
 
 		 222 aa  99.4  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 		 216 aa  99  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  32.8 
 
 		 214 aa  98.6  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 216 aa  98.2  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 219 aa  97.4  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.64 
 
 		 229 aa  96.3  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.64 
 
 		 229 aa  95.9  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 241 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  35.33 
 
 		 212 aa  95.9  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 223 aa  95.1  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 235 aa  95.1  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 220 aa  95.1  8e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 212 aa  95.1  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 230 aa  94.7  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 245 aa  94.4  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 229 aa  94.7  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  32.61 
 
 		 220 aa  93.6  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3363  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 		 218 aa  94  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  33.87 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 238 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 238 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 244 aa  92  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  35.71 
 
 		 240 aa  92  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  92  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 254 aa  91.7  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 240 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.61 
 
 		 223 aa  91.7  9e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.34 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 234 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 215 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 238 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 242 aa  90.1  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 274 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 		 238 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 235 aa  90.1  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 235 aa  90.9  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  34.22 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  34.22 
 
 		 240 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 240 aa  89.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>