More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3139 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  47.98 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 228 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  44.55 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 222 aa  168  7e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 234 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 255 aa  159  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 254 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  38.89 
 
 		 241 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 231 aa  155  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  40.61 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 241 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 241 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  41.12 
 
 		 230 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  41.12 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 224 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  39.29 
 
 		 231 aa  144  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  38.69 
 
 		 226 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  41.54 
 
 		 223 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  38.87 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 226 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  37.2 
 
 		 227 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  40.5 
 
 		 274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 223 aa  139  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 218 aa  139  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  40.2 
 
 		 263 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 214 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  37.81 
 
 		 223 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  44.1 
 
 		 225 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 235 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 239 aa  112  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 220 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  34.65 
 
 		 240 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 232 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 211 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 234 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 223 aa  102  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 255 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 244 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 240 aa  99.8  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 232 aa  99.8  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  34.34 
 
 		 222 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 239 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 228 aa  99.4  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 211 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 233 aa  98.2  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 211 aa  97.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 228 aa  96.3  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 221 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 222 aa  95.9  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.35 
 
 		 226 aa  95.9  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  95.9  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 212 aa  95.9  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 235 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 235 aa  95.5  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3756  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 236 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3029  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 233 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 		 212 aa  94  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 221 aa  94.7  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 218 aa  93.6  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2445  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 237 aa  93.6  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.247601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 211 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 		 215 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 246 aa  93.2  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 211 aa  92.8  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 229 aa  92.8  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 229 aa  92.8  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 239 aa  92.4  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 222 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 224 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 236 aa  90.9  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 237 aa  90.5  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 		 225 aa  90.5  3e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 228 aa  90.5  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 242 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 223 aa  89.4  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 223 aa  89.4  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 228 aa  89.4  7e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 		 244 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 227 aa  89.4  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 227 aa  89  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>