More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4222 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  512  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  75.95 
 
 		 255 aa  362  3e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 223 aa  195  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 242 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 218 aa  181  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  44.39 
 
 		 226 aa  179  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 226 aa  178  7e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  48 
 
 		 229 aa  178  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  45.93 
 
 		 231 aa  176  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  45 
 
 		 241 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 251 aa  171  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 241 aa  171  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  44 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  44.5 
 
 		 230 aa  169  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 241 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  44.5 
 
 		 230 aa  168  8e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  46 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  43.94 
 
 		 263 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  43.94 
 
 		 274 aa  163  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 223 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  43.94 
 
 		 263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  43.84 
 
 		 256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 284 aa  156  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 214 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  39.49 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 227 aa  149  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  38.38 
 
 		 221 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  41.01 
 
 		 225 aa  135  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  34.97 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  37.07 
 
 		 222 aa  126  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 230 aa  125  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 232 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 235 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  37.19 
 
 		 240 aa  123  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 235 aa  122  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  35.5 
 
 		 238 aa  122  7e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  35.08 
 
 		 229 aa  121  9e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  37.02 
 
 		 219 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 229 aa  120  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 248 aa  118  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  37.36 
 
 		 228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  116  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 228 aa  115  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 245 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 218 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 233 aa  106  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 255 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 239 aa  106  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 223 aa  105  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 233 aa  106  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 229 aa  105  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 295 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 211 aa  105  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 251 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 221 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 227 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 212 aa  102  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  28.23 
 
 		 223 aa  102  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 223 aa  102  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 245 aa  102  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 233 aa  102  7e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2445  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 237 aa  102  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.247601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  33.66 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1411  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0858429  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>