More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3389 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  454  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  47.37 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  46.84 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  45.79 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 222 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  48.95 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  47.34 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  47.87 
 
 		 263 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  47.34 
 
 		 263 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 226 aa  160  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  46.28 
 
 		 274 aa  157  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 234 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 275 aa  149  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 241 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  42.63 
 
 		 231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 242 aa  145  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 241 aa  144  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 228 aa  144  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  40.62 
 
 		 241 aa  142  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 214 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 284 aa  139  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  37.07 
 
 		 227 aa  135  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 227 aa  133  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  36.56 
 
 		 231 aa  129  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 245 aa  128  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 235 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 235 aa  125  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  42.63 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  36.49 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  38.86 
 
 		 255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 229 aa  118  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  38.86 
 
 		 295 aa  118  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 234 aa  118  7.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  35.94 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.88 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 246 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  33.88 
 
 		 229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  35.98 
 
 		 221 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 222 aa  108  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 226 aa  107  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.22 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 211 aa  105  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 222 aa  102  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 233 aa  101  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 228 aa  101  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 212 aa  100  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6033  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 219 aa  99  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 238 aa  97.8  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 211 aa  97.8  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 212 aa  96.7  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 221 aa  96.3  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 239 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 211 aa  95.5  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 222 aa  95.5  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 244 aa  94.7  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 222 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 211 aa  94.7  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  35.39 
 
 		 211 aa  93.6  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1158  transcriptional regulator, GntR family  32.4 
 
 		 227 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.511472 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 239 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 242 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1379  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 227 aa  92.4  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.163127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1218  GntR domain-containing protein  32.77 
 
 		 250 aa  92  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.415589 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 233 aa  92  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 256 aa  92  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2793  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 230 aa  91.7  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  31.18 
 
 		 216 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 240 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  33.5 
 
 		 240 aa  90.9  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  33.86 
 
 		 239 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 267 aa  90.5  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>