More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2905 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 231 aa  468  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  76.79 
 
 		 229 aa  349  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  70.98 
 
 		 228 aa  325  4.0000000000000003e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 231 aa  293  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  59.62 
 
 		 231 aa  259  3e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 227 aa  258  5.0000000000000005e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  57.21 
 
 		 229 aa  246  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 234 aa  230  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  52.13 
 
 		 241 aa  228  9e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 242 aa  227  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 241 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 241 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  50.71 
 
 		 241 aa  222  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 223 aa  187  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  47.03 
 
 		 263 aa  187  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  46.31 
 
 		 226 aa  185  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  46.97 
 
 		 263 aa  185  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  45.5 
 
 		 227 aa  184  7e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  45.45 
 
 		 225 aa  184  8e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 214 aa  182  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 222 aa  181  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  45.54 
 
 		 274 aa  181  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  45.93 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  45.93 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 254 aa  176  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  44.44 
 
 		 223 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 275 aa  170  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 284 aa  169  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  42.11 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 218 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  44.23 
 
 		 225 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 239 aa  146  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 246 aa  141  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 244 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  38.27 
 
 		 255 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  38.27 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  35.41 
 
 		 240 aa  121  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  38.65 
 
 		 221 aa  121  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.59 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 223 aa  119  3e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 222 aa  119  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 222 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 238 aa  115  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  34.98 
 
 		 230 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 223 aa  114  8.999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 223 aa  114  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 225 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 230 aa  112  6e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  37.61 
 
 		 233 aa  111  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 212 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  31.69 
 
 		 212 aa  109  4.0000000000000004e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 222 aa  106  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 227 aa  106  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 219 aa  105  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 223 aa  105  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 224 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 211 aa  102  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 221 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 221 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 229 aa  102  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 222 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 218 aa  101  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 211 aa  99.8  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 221 aa  99  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 226 aa  98.6  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 218 aa  97.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 232 aa  97.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  35.05 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  35.05 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 233 aa  98.2  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 227 aa  96.7  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  34.08 
 
 		 223 aa  96.3  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>