More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4617 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  480  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 251 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 275 aa  159  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 223 aa  148  8e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  40.21 
 
 		 231 aa  146  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  43.5 
 
 		 263 aa  146  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  41.67 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  43.5 
 
 		 263 aa  145  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  41.36 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  41.29 
 
 		 227 aa  143  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  37.74 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 242 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 228 aa  138  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 224 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  40.1 
 
 		 240 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  39.27 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 226 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  39.73 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 232 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 234 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  36.89 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 241 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 241 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  37.11 
 
 		 241 aa  125  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  36.89 
 
 		 230 aa  125  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 254 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  39.13 
 
 		 223 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 218 aa  122  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  35.92 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 223 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  36.23 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 231 aa  112  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 225 aa  105  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  35.05 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  35.05 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  37.79 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 218 aa  102  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1568  transcriptional regulator, GntR family  40.56 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  30.94 
 
 		 223 aa  101  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 233 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  35.63 
 
 		 216 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 219 aa  101  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  36.78 
 
 		 216 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 235 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 213 aa  99.8  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  34.11 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 242 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 222 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 211 aa  99.8  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  34.9 
 
 		 231 aa  99.4  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 221 aa  99  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  37.56 
 
 		 223 aa  99  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 221 aa  98.6  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 224 aa  98.6  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  36.26 
 
 		 237 aa  97.8  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 		 237 aa  98.2  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33.52 
 
 		 212 aa  97.1  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  36.07 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6257  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 231 aa  96.3  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648776  normal  0.0618122 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 219 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 219 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  35.59 
 
 		 230 aa  95.9  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 211 aa  95.5  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 229 aa  95.5  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 229 aa  95.5  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  32.37 
 
 		 218 aa  95.1  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 230 aa  94.7  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6620  transcriptional regulator, GntR family  37.85 
 
 		 207 aa  94.7  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0364591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 220 aa  94  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 222 aa  94  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  94  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>