More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3323 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  460  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  62.15 
 
 		 218 aa  281  4.0000000000000003e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  49.26 
 
 		 222 aa  207  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 223 aa  190  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  46.31 
 
 		 231 aa  185  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 214 aa  185  6e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 275 aa  182  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  44.95 
 
 		 230 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  44.5 
 
 		 230 aa  181  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  45.75 
 
 		 225 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  47.12 
 
 		 263 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  43.96 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  45.67 
 
 		 256 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 255 aa  178  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  45.32 
 
 		 228 aa  178  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 234 aa  178  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 241 aa  177  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  47.5 
 
 		 263 aa  176  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 226 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  47.26 
 
 		 274 aa  176  4e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 241 aa  175  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 242 aa  174  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  43.41 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 251 aa  171  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  43.35 
 
 		 223 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 229 aa  162  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 241 aa  162  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 246 aa  148  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  42.64 
 
 		 240 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  42.13 
 
 		 255 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  42.13 
 
 		 295 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  38.19 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  39.71 
 
 		 225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  36.5 
 
 		 221 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.15 
 
 		 223 aa  126  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  37.07 
 
 		 222 aa  124  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 222 aa  124  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 233 aa  120  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 242 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 223 aa  118  9e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 228 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 222 aa  116  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 211 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  32.07 
 
 		 226 aa  115  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 211 aa  115  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  35.98 
 
 		 239 aa  115  6.9999999999999995e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 		 211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 211 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 222 aa  112  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 232 aa  112  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.69 
 
 		 238 aa  111  8.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 233 aa  111  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 212 aa  108  8.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 234 aa  106  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 265 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 226 aa  106  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 244 aa  105  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 211 aa  105  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2445  transcriptional regulator  36.87 
 
 		 237 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.247601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  34.31 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 254 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 236 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 230 aa  99.4  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 235 aa  99  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 226 aa  99  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  32.96 
 
 		 215 aa  98.6  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 226 aa  98.6  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 232 aa  98.6  7e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  34.01 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 255 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 228 aa  97.4  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>