More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2698 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  477  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  67.14 
 
 		 211 aa  282  4.0000000000000003e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  65.24 
 
 		 211 aa  274  9e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  62.98 
 
 		 211 aa  265  5e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 211 aa  264  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 211 aa  259  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  60.58 
 
 		 211 aa  257  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  66.19 
 
 		 215 aa  250  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2806  GntR family transcriptional regulator  62.86 
 
 		 215 aa  236  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155753  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3397  GntR family transcriptional regulator  64.25 
 
 		 211 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00851285  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  61.61 
 
 		 232 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  53.33 
 
 		 223 aa  227  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  53.85 
 
 		 212 aa  225  4e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  53.37 
 
 		 212 aa  222  4e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 233 aa  219  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  48.22 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 233 aa  181  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  44 
 
 		 222 aa  168  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  41.55 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 		 222 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  41.33 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 219 aa  149  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  34.16 
 
 		 226 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 		 239 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 218 aa  106  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 241 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.8 
 
 		 238 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 234 aa  102  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  31.76 
 
 		 263 aa  102  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 241 aa  102  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 241 aa  102  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 227 aa  102  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4113  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 238 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 235 aa  102  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 229 aa  102  7e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 235 aa  101  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 232 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  32.7 
 
 		 263 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  37 
 
 		 233 aa  99.4  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 241 aa  99  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 229 aa  99  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 229 aa  98.6  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 228 aa  98.6  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 222 aa  98.6  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09760  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 242 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.3 
 
 		 231 aa  98.6  8e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 229 aa  98.6  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 		 223 aa  98.6  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 246 aa  98.2  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 228 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 275 aa  97.8  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4183  regulatory protein GntR HTH  30.66 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 242 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 235 aa  97.1  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 239 aa  95.9  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 230 aa  96.3  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 214 aa  95.9  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 235 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 230 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 237 aa  95.1  8e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 232 aa  94.7  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 245 aa  94.4  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  31.84 
 
 		 230 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 229 aa  94.7  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 220 aa  94  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  32.33 
 
 		 256 aa  93.6  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  32.41 
 
 		 243 aa  94  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4215  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 222 aa  93.6  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.162899  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 239 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 254 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 274 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4366  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 222 aa  92.8  4e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 229 aa  92.4  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 262 aa  92.4  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 237 aa  92.4  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>