More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4113 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4113  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09760  GntR family transcriptional regulator  79.83 
 
 		 242 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2114  transcription regulator protein  72.07 
 
 		 243 aa  336  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1375  GntR family transcriptional regulator  72.77 
 
 		 243 aa  334  5.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0432264 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4772  transcriptional regulator, GntR family  61.99 
 
 		 235 aa  295  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100134 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4824  transcriptional regulator, GntR family  61.54 
 
 		 231 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679029  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7368  GntR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 250 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4833  transcriptional regulator, GntR family  46.3 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163458 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5277  transcriptional regulator, GntR family  45.83 
 
 		 238 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7262  transcriptional regulator GntR family  42.41 
 
 		 229 aa  191  6e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7259  transcriptional regulator GntR family  42.73 
 
 		 236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 232 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 236 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  35.51 
 
 		 237 aa  115  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0238  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0670401  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0217  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  35.35 
 
 		 234 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 251 aa  103  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 211 aa  102  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 234 aa  102  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 244 aa  98.6  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 223 aa  97.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6383  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.910943 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 211 aa  95.9  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 211 aa  95.5  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 211 aa  93.2  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 254 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 211 aa  90.1  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0200  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 246 aa  89.4  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 234 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.22 
 
 		 229 aa  87.4  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  28.36 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 234 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 234 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.54 
 
 		 226 aa  85.1  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  29.22 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 232 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  28.43 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 254 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  26.37 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 241 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  30.53 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  32.56 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  33.56 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 275 aa  76.3  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  26.07 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  28.22 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  31.41 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 214 aa  72  0.000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 228 aa  72  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>