More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7262 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7262  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 229 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5277  transcriptional regulator, GntR family  80.09 
 
 		 238 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4833  transcriptional regulator, GntR family  79.64 
 
 		 238 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163458 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7259  transcriptional regulator GntR family  75.68 
 
 		 236 aa  360  1e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7368  GntR family transcriptional regulator  48.17 
 
 		 250 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4772  transcriptional regulator, GntR family  48.15 
 
 		 235 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100134 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2114  transcription regulator protein  47.42 
 
 		 243 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4824  transcriptional regulator, GntR family  47.22 
 
 		 231 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679029  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1375  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 243 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0432264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4113  GntR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 238 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09760  GntR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 242 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 232 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 236 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 234 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  30.92 
 
 		 237 aa  99.8  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0238  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 225 aa  95.9  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0670401  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0217  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 233 aa  96.3  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6383  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 234 aa  95.5  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.910943 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 234 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 219 aa  85.9  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 254 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  30.59 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  29.27 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  27.16 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 224 aa  80.1  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  27.14 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3301  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 263 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 242 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  23.66 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  23.66 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  23 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 241 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  22.5 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 244 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  25.77 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  22.66 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  24.27 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 267 aa  72.4  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 		 266 aa  72.4  0.000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  24.24 
 
 		 238 aa  72  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  25.25 
 
 		 214 aa  72  0.000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  21.18 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 229 aa  71.2  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  26.87 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1411  GntR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0858429  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2535  transcriptional regulator, GntR family  32.88 
 
 		 219 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.412174  normal  0.816437 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4836  transcriptional regulator, GntR family  28.12 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.035326 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  31.94 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1988  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 221 aa  70.1  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0497005  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  22 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 211 aa  69.7  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>