More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4868 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  74.89 
 
 		 236 aa  355  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0217  GntR family transcriptional regulator  75.11 
 
 		 233 aa  330  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0238  GntR family transcriptional regulator  76.39 
 
 		 225 aa  326  2.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0670401  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  70.54 
 
 		 234 aa  317  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6383  transcriptional regulator, GntR family  70.04 
 
 		 234 aa  308  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.910943 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  64.89 
 
 		 237 aa  290  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 251 aa  278  4e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  64.35 
 
 		 234 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4836  transcriptional regulator, GntR family  45 
 
 		 239 aa  178  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.035326 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  46.15 
 
 		 244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 254 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4113  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 238 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7259  transcriptional regulator GntR family  35.05 
 
 		 236 aa  114  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1375  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 243 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0432264 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4824  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679029  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5277  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09760  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 242 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7262  transcriptional regulator GntR family  33.51 
 
 		 229 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4772  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 		 235 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100134 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4833  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7368  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 250 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 230 aa  101  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  28.18 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2114  transcription regulator protein  29.05 
 
 		 243 aa  99  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 223 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  34.2 
 
 		 226 aa  96.7  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 223 aa  95.9  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  39.59 
 
 		 218 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 251 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 233 aa  92.8  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 227 aa  92.8  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 222 aa  92.4  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 265 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 254 aa  92  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 225 aa  91.3  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.84 
 
 		 228 aa  91.7  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  34.38 
 
 		 227 aa  90.1  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  26.76 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 290 aa  89.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 		 225 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  36.08 
 
 		 230 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  36.08 
 
 		 230 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 228 aa  88.6  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 230 aa  88.6  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 228 aa  88.2  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 228 aa  87.8  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 221 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 228 aa  87.8  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.65 
 
 		 237 aa  88.2  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 240 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 241 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 240 aa  86.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 241 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 239 aa  86.3  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 251 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 254 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 225 aa  86.3  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 241 aa  85.9  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 230 aa  85.5  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 255 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  36.09 
 
 		 219 aa  85.1  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1411  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0858429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1411  transcriptional regulator, GntR family  34.81 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.732833  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5932  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733777  normal  0.0408892 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14130  transcriptional regulator, GntR family  38.03 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.377103  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 226 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 216 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  31.96 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>