More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3874 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  474  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  74.89 
 
 		 232 aa  355  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6383  transcriptional regulator, GntR family  79.74 
 
 		 234 aa  354  6.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.910943 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0238  GntR family transcriptional regulator  80.36 
 
 		 225 aa  348  3e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0670401  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0217  GntR family transcriptional regulator  80.36 
 
 		 233 aa  349  3e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  67.95 
 
 		 234 aa  317  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  58.9 
 
 		 237 aa  268  7e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  62.33 
 
 		 234 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  58.95 
 
 		 251 aa  261  4.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  46.01 
 
 		 244 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4836  transcriptional regulator, GntR family  44.55 
 
 		 239 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.035326 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 235 aa  135  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1375  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 243 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0432264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4113  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 238 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4772  transcriptional regulator, GntR family  35.57 
 
 		 235 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100134 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4824  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679029  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09760  GntR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 242 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7259  transcriptional regulator GntR family  34.11 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5277  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 238 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7262  transcriptional regulator GntR family  32.21 
 
 		 229 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7368  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 250 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4833  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 238 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163458 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.35 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 251 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 228 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 225 aa  95.9  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2114  transcription regulator protein  29.95 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 223 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 284 aa  94.4  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.96 
 
 		 223 aa  92.8  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 		 237 aa  92.8  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 223 aa  92.4  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 223 aa  92.4  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 223 aa  92.4  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  24.66 
 
 		 223 aa  92.4  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 229 aa  92  6e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 230 aa  92.4  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 244 aa  90.1  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 231 aa  89.7  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 235 aa  90.1  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  39.06 
 
 		 218 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 222 aa  89.4  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 230 aa  89.4  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  34.72 
 
 		 230 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 206 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  28.29 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 254 aa  87.8  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 212 aa  86.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  34.2 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 227 aa  86.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 225 aa  86.3  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 221 aa  86.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 218 aa  85.9  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 255 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  31.77 
 
 		 226 aa  85.1  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 228 aa  85.1  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 231 aa  85.1  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  22.79 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  29.65 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  37.7 
 
 		 223 aa  81.6  0.000000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  37.7 
 
 		 223 aa  81.6  0.000000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  29.08 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  22.79 
 
 		 223 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1411  GntR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0858429  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 241 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 226 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0216  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.183078  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  28.06 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>