More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7259 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7259  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 236 aa  489  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5277  transcriptional regulator, GntR family  79.24 
 
 		 238 aa  384  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4833  transcriptional regulator, GntR family  78.81 
 
 		 238 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163458 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7262  transcriptional regulator GntR family  75.68 
 
 		 229 aa  360  1e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7368  GntR family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 250 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2114  transcription regulator protein  45.62 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4772  transcriptional regulator, GntR family  47.51 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100134 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4824  transcriptional regulator, GntR family  45.7 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679029  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1375  GntR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 243 aa  184  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0432264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4113  GntR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09760  GntR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 242 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  34.04 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0238  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0670401  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0217  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 233 aa  98.2  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6383  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 234 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.910943 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  31.03 
 
 		 244 aa  91.7  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 223 aa  92  8e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 254 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 240 aa  90.1  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.57 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.32 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 267 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.3 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.77 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 242 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 241 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 225 aa  78.2  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  24.64 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 256 aa  77  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  27.73 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  24.15 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1411  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.732833  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  29.36 
 
 		 238 aa  75.1  0.0000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  23.67 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2793  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  27.55 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  26.4 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1411  GntR family transcriptional regulator  22.39 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0858429  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  30.6 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  28.34 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 251 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 239 aa  72  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 218 aa  72  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  31.82 
 
 		 230 aa  72  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  29.51 
 
 		 216 aa  72  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 246 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 229 aa  72  0.000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>