More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_6383 on replicon NC_011371
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011371  Rleg2_6383  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
234 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.910943 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  79.74 
 
 
236 aa  374  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0238  GntR family transcriptional regulator  79.02 
 
 
225 aa  339  2e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0670401  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0217  GntR family transcriptional regulator  79.02 
 
 
233 aa  339  2e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  70.04 
 
 
232 aa  324  9e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  63.68 
 
 
234 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  59.11 
 
 
237 aa  269  2.9999999999999997e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  61.11 
 
 
234 aa  265  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  57.21 
 
 
251 aa  256  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  45.29 
 
 
244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4836  transcriptional regulator, GntR family  40.89 
 
 
239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.035326 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  44.52 
 
 
254 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  44.52 
 
 
235 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1375  GntR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
243 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0432264 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4824  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 
231 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679029  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4772  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 
235 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.100134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4113  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
238 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09760  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
242 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503807  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7262  transcriptional regulator GntR family  33.33 
 
 
229 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7259  transcriptional regulator GntR family  34.65 
 
 
236 aa  105  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5277  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 
238 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2114  transcription regulator protein  31.47 
 
 
243 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
251 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
223 aa  98.6  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
228 aa  98.6  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
223 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
225 aa  98.2  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
223 aa  96.7  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
223 aa  96.7  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
223 aa  96.7  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 
284 aa  96.7  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4833  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 
238 aa  96.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.163458 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  26.24 
 
 
223 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7368  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
250 aa  96.3  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  26.76 
 
 
223 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
255 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 
225 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.05 
 
 
228 aa  94  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5617  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
232 aa  92  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 
227 aa  90.9  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
230 aa  91.3  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  30.51 
 
 
231 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
206 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
230 aa  90.5  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
233 aa  89.4  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  38.62 
 
 
223 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
254 aa  89  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  38.62 
 
 
223 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
224 aa  89  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
254 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
233 aa  89  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 
238 aa  88.6  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 
240 aa  88.6  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  31.52 
 
 
219 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
218 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  32.95 
 
 
256 aa  87.8  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  24.43 
 
 
223 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 
223 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
244 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 
230 aa  87  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
228 aa  87.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
222 aa  87  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
212 aa  86.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
230 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  31.1 
 
 
230 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
235 aa  86.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  32.97 
 
 
226 aa  86.3  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  27.07 
 
 
232 aa  86.3  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 
223 aa  86.3  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  25.34 
 
 
223 aa  85.9  4e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
255 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 
234 aa  85.9  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
229 aa  85.9  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
235 aa  85.9  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
251 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
227 aa  85.5  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
255 aa  85.1  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
226 aa  85.1  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 
227 aa  84.3  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  42.07 
 
 
218 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  35.84 
 
 
263 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  29.96 
 
 
265 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  30.81 
 
 
249 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  35.84 
 
 
263 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
240 aa  84  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
248 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 
231 aa  83.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1411  GntR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
223 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0858429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 
277 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
219 aa  82.8  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
263 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  27.18 
 
 
226 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>