More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2114 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2114  transcription regulator protein  100 
 
 		 243 aa  489  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09760  GntR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 242 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1375  GntR family transcriptional regulator  67.08 
 
 		 243 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0432264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4113  GntR family transcriptional regulator  72.07 
 
 		 238 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4824  transcriptional regulator, GntR family  62.17 
 
 		 231 aa  300  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679029  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4772  transcriptional regulator, GntR family  60.7 
 
 		 235 aa  298  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100134 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7368  GntR family transcriptional regulator  47.11 
 
 		 250 aa  219  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4833  transcriptional regulator, GntR family  48.85 
 
 		 238 aa  208  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163458 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7262  transcriptional regulator GntR family  47.42 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5277  transcriptional regulator, GntR family  47.93 
 
 		 238 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7259  transcriptional regulator GntR family  45.62 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  34.78 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 234 aa  105  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 232 aa  99  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 		 234 aa  95.9  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 236 aa  94.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6383  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 234 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.910943 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 251 aa  91.3  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 254 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 233 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 212 aa  90.9  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  28.43 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0238  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 225 aa  88.2  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0670401  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 211 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0217  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 233 aa  88.2  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 232 aa  86.3  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  26 
 
 		 211 aa  85.5  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  28.35 
 
 		 212 aa  85.1  9e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  30.53 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  26.5 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0200  transcriptional regulator, GntR family  29.5 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  24.89 
 
 		 246 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  29.15 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 233 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 234 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 251 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  30.87 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  29.28 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 234 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  29.47 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  26.42 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 275 aa  73.9  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2806  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 215 aa  73.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155753  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44780  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13802  normal  0.152718 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  27.75 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  25.98 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  25.98 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 		 248 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  25.26 
 
 		 226 aa  72  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 232 aa  72  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  30.29 
 
 		 237 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>