More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_1076 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
223 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
223 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  79.19 
 
 
222 aa  345  4e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  77.83 
 
 
222 aa  336  1.9999999999999998e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  68.78 
 
 
222 aa  299  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  68.37 
 
 
222 aa  299  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  55.45 
 
 
233 aa  230  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  55.5 
 
 
244 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  51.38 
 
 
233 aa  226  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  50.24 
 
 
223 aa  200  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  49.27 
 
 
219 aa  190  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  45.32 
 
 
212 aa  181  7e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  46.53 
 
 
239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
211 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
211 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 
211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  47.74 
 
 
232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  42.35 
 
 
211 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
211 aa  155  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
211 aa  155  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2806  GntR family transcriptional regulator  43.43 
 
 
215 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155753  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  42.46 
 
 
215 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
232 aa  144  9e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3397  GntR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
211 aa  142  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00851285  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
240 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
226 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  36.82 
 
 
227 aa  126  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
235 aa  126  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
223 aa  122  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 
229 aa  122  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 
229 aa  121  8e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
226 aa  121  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 
218 aa  117  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
222 aa  117  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  37.5 
 
 
230 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
223 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
233 aa  115  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 
231 aa  114  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
229 aa  112  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
228 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
241 aa  112  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3025  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131059  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
239 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
224 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
240 aa  111  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
232 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 
241 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  35.29 
 
 
226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
241 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6033  transcriptional regulator, GntR family  35.5 
 
 
239 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
234 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
241 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 
239 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
242 aa  108  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
254 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
231 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
239 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 
231 aa  107  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
243 aa  106  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
219 aa  106  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
222 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  35.94 
 
 
232 aa  106  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
231 aa  105  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
226 aa  104  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
225 aa  104  9e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 
222 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  38.55 
 
 
215 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 
229 aa  103  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
224 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 
248 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1158  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 
227 aa  103  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.511472 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 
263 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 
227 aa  103  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 
217 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
226 aa  102  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 
274 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
244 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
218 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  39.31 
 
 
240 aa  101  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
232 aa  101  7e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
267 aa  101  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
229 aa  101  9e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.23 
 
 
223 aa  100  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  36.17 
 
 
235 aa  100  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
233 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1379  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 
227 aa  100  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.163127  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1218  GntR domain-containing protein  34.78 
 
 
250 aa  100  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.415589 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 
216 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  35.18 
 
 
263 aa  100  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
214 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 
230 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  34.5 
 
 
216 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>