More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0601 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  458  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  90.87 
 
 		 231 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  57.69 
 
 		 231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 229 aa  248  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 228 aa  247  9e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 231 aa  229  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  52.66 
 
 		 229 aa  220  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 242 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  45.33 
 
 		 241 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 241 aa  191  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  36.65 
 
 		 263 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  39.41 
 
 		 274 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  39.3 
 
 		 263 aa  160  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  39.41 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 251 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 275 aa  157  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 222 aa  156  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 255 aa  154  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  39.39 
 
 		 227 aa  152  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  36.84 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 218 aa  146  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  36.87 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 		 223 aa  141  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 226 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 223 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  38.18 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 		 255 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  31.1 
 
 		 240 aa  122  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 237 aa  122  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 230 aa  122  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  38.07 
 
 		 233 aa  121  8e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 232 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 219 aa  118  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 248 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  35.47 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 228 aa  111  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 242 aa  108  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 235 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  35.35 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 222 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 244 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 229 aa  105  8e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 229 aa  102  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 212 aa  102  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.32 
 
 		 232 aa  102  7e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  28.42 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 238 aa  100  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 253 aa  100  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 233 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  29.1 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  29.5 
 
 		 212 aa  100  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.73 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 249 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  37.91 
 
 		 218 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 234 aa  99.4  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 216 aa  99.4  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 233 aa  99  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 237 aa  99  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 231 aa  99  6e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 247 aa  99  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 235 aa  98.6  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 223 aa  98.2  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 219 aa  97.8  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 211 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 211 aa  97.1  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>