More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6547 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 246 aa  492  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  43.78 
 
 		 226 aa  162  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  44.5 
 
 		 274 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 		 275 aa  158  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  44.33 
 
 		 263 aa  158  8e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  43.84 
 
 		 263 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  38.39 
 
 		 231 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 232 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  41.88 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 229 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 255 aa  152  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  41.63 
 
 		 255 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  41.63 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  39.52 
 
 		 240 aa  149  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 254 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 241 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  37.98 
 
 		 241 aa  148  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 241 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  39.3 
 
 		 225 aa  143  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 241 aa  141  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 226 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 222 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 214 aa  136  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  37.31 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  37.31 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  39.8 
 
 		 223 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 221 aa  125  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 223 aa  125  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 227 aa  122  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  36.62 
 
 		 222 aa  118  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  35.98 
 
 		 223 aa  118  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 231 aa  118  7.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 211 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 211 aa  109  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 211 aa  109  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 211 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  38.38 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 233 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 222 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 242 aa  106  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 218 aa  106  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 233 aa  105  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 220 aa  105  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  35.32 
 
 		 225 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 232 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 211 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 211 aa  102  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 226 aa  102  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  35.05 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  35.05 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 239 aa  99.8  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 222 aa  99.4  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 212 aa  98.6  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 227 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 219 aa  97.1  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 239 aa  96.3  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 235 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 221 aa  95.9  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 232 aa  95.5  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 212 aa  95.1  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 231 aa  95.1  8e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 238 aa  95.1  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 221 aa  95.1  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 222 aa  94.7  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.83 
 
 		 226 aa  95.1  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 235 aa  93.2  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  35.51 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 229 aa  92.8  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  37.84 
 
 		 231 aa  92.8  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 		 231 aa  92  8e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3403  GntR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  32.4 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  28.49 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 228 aa  89.4  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 224 aa  89  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 224 aa  89  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  89  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>