More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2404 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  461  1e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  74.12 
 
 		 228 aa  351  7e-96  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 225 aa  248  8e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  57.01 
 
 		 226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 229 aa  238  6.999999999999999e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  53.91 
 
 		 239 aa  229  4e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  56.62 
 
 		 233 aa  225  5.0000000000000005e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  56.11 
 
 		 232 aa  224  1e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  55.05 
 
 		 237 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 235 aa  211  9e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  51.33 
 
 		 230 aa  210  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  41.71 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 		 223 aa  144  8.000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 231 aa  144  8.000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 232 aa  142  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 235 aa  142  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  39.81 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 223 aa  134  9e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 228 aa  132  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 230 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 222 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 223 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 227 aa  125  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 249 aa  122  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 227 aa  122  7e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 229 aa  121  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  31.13 
 
 		 231 aa  120  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  36.54 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 214 aa  119  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 215 aa  118  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 224 aa  118  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 231 aa  118  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 241 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 212 aa  117  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 222 aa  117  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  32.42 
 
 		 223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  35.58 
 
 		 232 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 213 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 251 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  32.42 
 
 		 223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 235 aa  115  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 256 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 227 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  33.33 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 218 aa  113  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 240 aa  112  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 234 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  35.24 
 
 		 252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 240 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  34.12 
 
 		 230 aa  112  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  36.14 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 225 aa  112  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 242 aa  111  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 234 aa  112  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  34.12 
 
 		 230 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 238 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  31.32 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 228 aa  111  9e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 228 aa  111  9e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 213 aa  111  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 241 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 219 aa  110  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 229 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  35.64 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  38.19 
 
 		 216 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>