More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4183 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_4183  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 
222 aa  444  1.0000000000000001e-124  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2517  transcriptional regulator, GntR family  36.71 
 
 
235 aa  121  9e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0375758  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4602  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 
229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3493  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
270 aa  119  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.671641 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0114  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0123  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
251 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.409483  normal  0.0318508 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0104  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
251 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.99437  normal  0.215217 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2514  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 
273 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00436634  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4638  transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 
258 aa  112  6e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1978  GntR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4360  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 
226 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3134  regulatory protein GntR HTH  32.38 
 
 
238 aa  106  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.998254  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1741  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
222 aa  105  6e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00122783  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0715  regulatory protein GntR, HTH  34.43 
 
 
234 aa  105  6e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1760  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
222 aa  105  6e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298302  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1807  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
222 aa  105  6e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.521171 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4366  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
222 aa  105  8e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1495  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 
231 aa  102  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.635233  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3933  GntR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
282 aa  102  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.903638  decreased coverage  0.00636181 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 
223 aa  102  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
226 aa  101  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
226 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
226 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0130  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
228 aa  98.2  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
214 aa  97.8  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37.66 
 
 
235 aa  95.1  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
245 aa  95.1  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
222 aa  94.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 
229 aa  92.8  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
229 aa  92.8  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
235 aa  91.7  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
240 aa  91.3  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 
232 aa  91.3  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
235 aa  91.3  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
226 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  27.43 
 
 
229 aa  90.5  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
229 aa  89.7  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
217 aa  89.4  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
230 aa  89.4  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 
231 aa  89  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
211 aa  88.6  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
231 aa  88.2  9e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
233 aa  87.4  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.11 
 
 
231 aa  87.4  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 
228 aa  87.8  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 
221 aa  88.2  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 
223 aa  88.2  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0606  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
223 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 
223 aa  88.2  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
212 aa  86.7  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
258 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
235 aa  87.4  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3397  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
211 aa  87  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00851285  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10166  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
264 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 
212 aa  86.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
219 aa  85.5  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
211 aa  85.5  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
223 aa  85.1  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
244 aa  85.1  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
241 aa  85.1  8e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  28.37 
 
 
227 aa  84.7  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  29.58 
 
 
224 aa  84.7  9e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
224 aa  84  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  26.61 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 
223 aa  84  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  29.8 
 
 
211 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 
242 aa  84  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 
241 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
211 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
211 aa  83.6  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  42.2 
 
 
222 aa  83.6  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 
233 aa  83.2  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
234 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 
223 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2226  transcriptional regulator, GntR family  28.85 
 
 
245 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113996  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
223 aa  82.8  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6046  regulatory protein GntR, HTH  32.88 
 
 
221 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.122122  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
214 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0859  regulatory protein GntR, HTH  30.56 
 
 
217 aa  82.8  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.774142  decreased coverage  0.0091053 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
284 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2775  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
223 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
223 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  35.95 
 
 
233 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
233 aa  82  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 
219 aa  82  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
232 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
230 aa  82  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 
224 aa  82  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 
215 aa  81.6  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
231 aa  81.6  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
251 aa  81.6  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  26 
 
 
247 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>