More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4341 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 221 aa  442  1e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4215  transcriptional regulator, GntR family  82.03 
 
 		 222 aa  339  2e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.162899  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1030  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 237 aa  108  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal  0.150605 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 248 aa  99.8  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 213 aa  98.2  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 219 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 219 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 		 238 aa  96.7  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 213 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  38.6 
 
 		 244 aa  95.9  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 222 aa  95.9  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  31.82 
 
 		 217 aa  95.9  5e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 230 aa  95.5  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  29.21 
 
 		 219 aa  95.5  5e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  35.75 
 
 		 235 aa  95.5  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 265 aa  95.1  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  34.86 
 
 		 227 aa  94.4  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 		 245 aa  94  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  38.97 
 
 		 263 aa  94  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 217 aa  93.2  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 226 aa  92.8  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 236 aa  93.2  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 227 aa  92.4  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  32.32 
 
 		 226 aa  92  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 239 aa  92  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 235 aa  92  6e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 222 aa  92  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0450  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 222 aa  91.3  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 233 aa  90.5  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 232 aa  90.5  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 219 aa  90.5  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 222 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 267 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 230 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  30.39 
 
 		 224 aa  89  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 218 aa  89  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 230 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 290 aa  88.6  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 		 216 aa  88.6  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2161  GntR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 237 aa  88.6  7e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.131694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 		 243 aa  88.6  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 229 aa  88.6  7e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 229 aa  87.4  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 233 aa  87.4  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 226 aa  87.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 223 aa  87  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 217 aa  87  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 231 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0611  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 222 aa  86.3  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176506  normal  0.0227892 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  27.08 
 
 		 221 aa  86.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 239 aa  86.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 233 aa  85.9  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 214 aa  86.3  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 237 aa  85.9  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 219 aa  85.9  5e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 247 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  37.57 
 
 		 218 aa  85.5  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.65 
 
 		 228 aa  85.5  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 217 aa  85.5  6e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2015  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 239 aa  85.1  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 218 aa  85.1  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 227 aa  85.1  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 267 aa  85.1  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 396 aa  85.1  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 234 aa  84.7  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 217 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  32.8 
 
 		 222 aa  84  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1846  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2102  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0736867  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  34.52 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  29.27 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0422  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0519  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0833  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 242 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2149  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.577726  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>