More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9244 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 226 aa  470  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  40.5 
 
 		 222 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  40.5 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 206 aa  164  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 239 aa  158  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 214 aa  156  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 267 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  37.88 
 
 		 224 aa  154  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 247 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 225 aa  148  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 223 aa  144  9e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 268 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 222 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  35.61 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 260 aa  141  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 222 aa  141  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 223 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  37.76 
 
 		 227 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 222 aa  138  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 223 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 223 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  37.37 
 
 		 223 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 223 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 229 aa  136  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 230 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 221 aa  125  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 257 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 230 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 236 aa  122  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 219 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 219 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 213 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  35.35 
 
 		 232 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 232 aa  118  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 213 aa  118  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  35.38 
 
 		 245 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 263 aa  117  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 231 aa  115  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  35.08 
 
 		 222 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  31.75 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 222 aa  112  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 222 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 223 aa  109  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 213 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 223 aa  105  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 230 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 235 aa  105  7e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 		 237 aa  105  8e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 215 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 215 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  33.03 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 		 238 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 207 aa  102  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 222 aa  101  7e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 229 aa  101  8e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 226 aa  100  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 209 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>