More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1382 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 227 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  74.19 
 
 		 224 aa  329  2e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  71.56 
 
 		 233 aa  310  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  71.89 
 
 		 223 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  71.89 
 
 		 223 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  71.89 
 
 		 223 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  71.89 
 
 		 223 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 223 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  70.97 
 
 		 223 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  70.97 
 
 		 223 aa  304  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  70.51 
 
 		 223 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  69.59 
 
 		 223 aa  300  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 223 aa  300  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  69.72 
 
 		 223 aa  298  4e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  66.97 
 
 		 223 aa  294  8e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  64.35 
 
 		 223 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 222 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  51.6 
 
 		 224 aa  225  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  41.67 
 
 		 225 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 229 aa  159  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 222 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 240 aa  151  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 222 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  41 
 
 		 232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 268 aa  145  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 217 aa  144  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  35.9 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  37.76 
 
 		 226 aa  139  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 214 aa  138  7e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 260 aa  129  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 225 aa  129  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 247 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  39.38 
 
 		 242 aa  123  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 245 aa  123  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 257 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  35.83 
 
 		 217 aa  119  3e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  33.8 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 236 aa  108  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 234 aa  108  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 213 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  30.63 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 209 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 215 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 248 aa  105  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 223 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 215 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 213 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 245 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 221 aa  101  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  34.12 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  32.87 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 229 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 235 aa  97.8  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 232 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 231 aa  97.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 229 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 230 aa  96.7  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 245 aa  96.3  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 224 aa  96.7  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_004310  BR1961  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 227 aa  95.9  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0634218  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 229 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1887  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 219 aa  95.9  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000514659  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  30.32 
 
 		 218 aa  95.9  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 213 aa  95.9  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 222 aa  95.1  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 231 aa  93.2  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 233 aa  92  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 230 aa  90.9  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  21.3 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 222 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 229 aa  90.1  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 224 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 211 aa  89.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 236 aa  90.1  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  31.25 
 
 		 227 aa  89.4  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 222 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 218 aa  89.4  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  89.4  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  29.17 
 
 		 222 aa  89.4  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2490  transcriptional regulator, GntR family  29.77 
 
 		 240 aa  89  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>