More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1759 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  90.99 
 
 		 223 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  83.86 
 
 		 223 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 223 aa  379  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  81.53 
 
 		 223 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  80.63 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  80.63 
 
 		 223 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  80.18 
 
 		 223 aa  366  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  80.18 
 
 		 233 aa  363  1e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  80.63 
 
 		 223 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  80.63 
 
 		 223 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  80.63 
 
 		 223 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  80.63 
 
 		 223 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  75.57 
 
 		 223 aa  350  8e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  72.07 
 
 		 224 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  69.12 
 
 		 227 aa  300  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  56.68 
 
 		 222 aa  253  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  53.55 
 
 		 224 aa  238  5.999999999999999e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  49.77 
 
 		 223 aa  199  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 240 aa  171  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 229 aa  169  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 239 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 226 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 226 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  39.81 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 222 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 222 aa  160  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 206 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 268 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  35.89 
 
 		 222 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  42 
 
 		 232 aa  156  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 226 aa  155  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 222 aa  152  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 225 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 217 aa  149  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  36.41 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 260 aa  136  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 267 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  41.97 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 247 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 257 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  37.76 
 
 		 257 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 234 aa  122  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 		 232 aa  118  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  34.45 
 
 		 219 aa  118  6e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 230 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 213 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 232 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  34.01 
 
 		 217 aa  112  4.0000000000000004e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  35.89 
 
 		 231 aa  112  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  36.07 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 219 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 219 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  35.27 
 
 		 245 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 213 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 251 aa  108  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  34.11 
 
 		 236 aa  105  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 213 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 222 aa  102  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 209 aa  102  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 213 aa  100  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 248 aa  99.4  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 215 aa  99  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 215 aa  99  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 219 aa  97.4  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  30.4 
 
 		 232 aa  97.4  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 221 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  29.5 
 
 		 221 aa  97.4  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 211 aa  95.5  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 235 aa  95.5  6e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 231 aa  95.5  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 221 aa  95.5  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_004310  BR1961  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 227 aa  94.4  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0634218  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 241 aa  94.4  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 218 aa  93.6  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1887  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 219 aa  94  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000514659  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 222 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 237 aa  92.8  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 222 aa  92.8  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 230 aa  92.4  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  38.3 
 
 		 227 aa  92  6e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 241 aa  92  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>