More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4822 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 257 aa  507  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  93.77 
 
 		 257 aa  455  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  73.82 
 
 		 260 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 206 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  39.13 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  40.51 
 
 		 225 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  39.13 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  36.84 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 215 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 215 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 214 aa  132  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 226 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 230 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 223 aa  125  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 267 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  39.07 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  34.15 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  34.29 
 
 		 227 aa  123  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 223 aa  122  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  37.56 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 233 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  37.19 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 222 aa  119  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 236 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 223 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 217 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 232 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 209 aa  115  8.999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  37.63 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 268 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 229 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 229 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  37.57 
 
 		 245 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 222 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 207 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 222 aa  105  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 224 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 235 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 226 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  34.2 
 
 		 224 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  35.18 
 
 		 231 aa  99.8  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  35.42 
 
 		 222 aa  99.8  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 226 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 226 aa  99  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 226 aa  98.6  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 229 aa  98.6  9e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 222 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 230 aa  97.4  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 221 aa  97.4  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 240 aa  97.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 229 aa  97.1  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 230 aa  97.1  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 		 263 aa  95.1  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.84 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  38.19 
 
 		 222 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 226 aa  95.1  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 213 aa  93.6  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 213 aa  92.8  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 232 aa  92.8  5e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.71 
 
 		 231 aa  92.4  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 224 aa  92  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 		 241 aa  92  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 229 aa  91.7  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 236 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  35.92 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 213 aa  90.9  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 230 aa  89.7  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.05 
 
 		 231 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>