More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2260 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  464  9.999999999999999e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  43.96 
 
 		 226 aa  172  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 223 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 214 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  42.18 
 
 		 224 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  42.03 
 
 		 222 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  42.03 
 
 		 222 aa  165  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 230 aa  164  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 267 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  44 
 
 		 223 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 233 aa  162  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 223 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 223 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  44 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 247 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  39.05 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 223 aa  158  6e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 223 aa  158  6e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  43.5 
 
 		 223 aa  158  6e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 223 aa  158  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 222 aa  158  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  42 
 
 		 223 aa  156  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  44 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 223 aa  148  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  41 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 260 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 257 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 268 aa  142  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 222 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 217 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  36.94 
 
 		 257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 226 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 231 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  37.78 
 
 		 231 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  38.21 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 221 aa  122  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 225 aa  121  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 234 aa  120  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 215 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 215 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 245 aa  118  9e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  33.97 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 223 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 226 aa  114  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  35.41 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 232 aa  109  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 213 aa  107  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 230 aa  105  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  36.27 
 
 		 227 aa  105  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  35.68 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  31.94 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 213 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 245 aa  102  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 237 aa  102  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 239 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 235 aa  101  8e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2775  transcriptional regulator, GntR family  36.55 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  32.64 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 235 aa  99.8  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 226 aa  99.8  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 233 aa  99.8  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 213 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 225 aa  99.4  4e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 235 aa  99.4  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>