More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_5066 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  92.04 
 
 		 229 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  91.15 
 
 		 229 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  90.71 
 
 		 229 aa  380  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  69.55 
 
 		 245 aa  286  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  67.4 
 
 		 245 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  66.96 
 
 		 236 aa  285  4e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 230 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 267 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  34.85 
 
 		 226 aa  118  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 229 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 223 aa  115  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 		 257 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 223 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 223 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 		 223 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 223 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 214 aa  112  4.0000000000000004e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 223 aa  112  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 223 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 223 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 226 aa  111  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 257 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 222 aa  108  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 268 aa  106  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 260 aa  106  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 223 aa  105  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  37.31 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 222 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 222 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  32.84 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 226 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 217 aa  99.4  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 231 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 240 aa  97.4  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  31.88 
 
 		 227 aa  97.4  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  96.3  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 239 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 226 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 213 aa  95.1  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 234 aa  95.1  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 229 aa  94.7  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  29.95 
 
 		 224 aa  94.7  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 213 aa  93.2  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  32.81 
 
 		 232 aa  92.4  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 226 aa  92  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 213 aa  90.9  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 235 aa  90.1  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 235 aa  89.4  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 213 aa  89.7  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  33.33 
 
 		 222 aa  89.4  5e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 230 aa  87.8  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 222 aa  87.8  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 213 aa  87.4  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 234 aa  85.9  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.69 
 
 		 251 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  39.71 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 242 aa  82.8  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  37.09 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  39.58 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 245 aa  79.3  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>