More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4083 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  100 
 
 		 222 aa  442  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  58.77 
 
 		 217 aa  248  5e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  47.14 
 
 		 223 aa  194  8.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  48.1 
 
 		 227 aa  181  6e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  44.04 
 
 		 233 aa  181  6e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4601  transcriptional regulator, GntR family  39.19 
 
 		 262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.100145 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  33.8 
 
 		 249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 228 aa  108  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3560  transcriptional regulator, GntR family  36.9 
 
 		 236 aa  105  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.798269  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4799  transcriptional regulator, GntR family  35.82 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.197176 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0311  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 202 aa  102  4e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4143  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 267 aa  101  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5625  transcriptional regulator, GntR family  38.57 
 
 		 240 aa  100  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.489538  decreased coverage  0.00304331 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  37.81 
 
 		 219 aa  100  3e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 233 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 265 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 219 aa  96.3  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0092  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 236 aa  96.3  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 221 aa  95.5  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 225 aa  95.1  7e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 258 aa  95.1  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 232 aa  95.1  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 232 aa  94.7  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 226 aa  94.7  9e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4590  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.356738  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 		 234 aa  93.6  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0178  transcriptional regulator, GntR family  31.41 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 238 aa  93.2  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 238 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  28.16 
 
 		 227 aa  91.7  7e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  92  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2008  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 232 aa  90.9  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.79 
 
 		 231 aa  91.3  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  32.71 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  31.07 
 
 		 240 aa  90.1  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1711  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 226 aa  90.1  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.968918  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2549  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 203 aa  89.7  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000803432  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6997  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 		 232 aa  89.7  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3559  transcriptional regulator, GntR family  34.57 
 
 		 232 aa  89.4  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4086  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.297751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2145  transcriptional regulator, GntR family  31.35 
 
 		 254 aa  89.4  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 226 aa  89.4  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 234 aa  89  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 		 219 aa  88.6  6e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 216 aa  88.6  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2935  transcriptional regulator, GntR family  34.38 
 
 		 223 aa  88.6  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000424024  hitchhiker  0.000467948 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 242 aa  88.2  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 290 aa  88.2  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 220 aa  88.2  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 223 aa  87.4  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 233 aa  88.2  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2296  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 216 aa  87.8  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0628  transcriptional regulator protein  31.25 
 
 		 207 aa  87.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 237 aa  86.7  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 254 aa  87  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2681  transcriptional regulator, GntR family  31.41 
 
 		 231 aa  87  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 260 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4450  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3986  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.963053  normal  0.126753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 262 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  33 
 
 		 210 aa  87.4  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 224 aa  86.3  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  31.28 
 
 		 240 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 262 aa  86.3  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5853  transcriptional regulator GntR family  35.81 
 
 		 221 aa  85.9  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110749  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 247 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 243 aa  85.5  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 		 227 aa  85.5  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0561  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 242 aa  85.9  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.818378 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  27.55 
 
 		 223 aa  85.9  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 223 aa  85.5  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 243 aa  85.5  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  30.81 
 
 		 240 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 227 aa  85.1  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 238 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 215 aa  85.1  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 215 aa  85.1  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 238 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 255 aa  84.7  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 233 aa  84.7  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 224 aa  85.1  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 255 aa  84.7  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  29.03 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 225 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>