More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0628 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  443  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 214 aa  135  7.000000000000001e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 217 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 247 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 232 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 230 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 267 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 223 aa  105  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 223 aa  105  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 223 aa  104  9e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 223 aa  103  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 257 aa  102  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 223 aa  102  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 222 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 223 aa  101  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 222 aa  101  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 222 aa  99.4  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 260 aa  98.6  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  29.86 
 
 		 224 aa  97.4  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 206 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  31.18 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  27.49 
 
 		 224 aa  96.7  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 222 aa  96.3  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  27.05 
 
 		 257 aa  93.6  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 		 225 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 245 aa  90.1  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 229 aa  89.7  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 		 232 aa  89.4  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 226 aa  89.4  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  29.56 
 
 		 227 aa  88.6  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 213 aa  87.4  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 213 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 239 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 290 aa  85.1  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 219 aa  84.7  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 219 aa  84.7  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  26.83 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 236 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  29.94 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 209 aa  81.3  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  26.47 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  26 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  26.18 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 268 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  27.67 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  28.43 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  28.29 
 
 		 237 aa  77.8  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 221 aa  77  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  28.86 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2049  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384927  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  22.22 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 		 227 aa  74.7  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3448  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3093  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.744122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  25.48 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  26.57 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1741  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00122783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1760  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298302  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 219 aa  72  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>